Opis problemu
Brak możliwości odliczenia VAT w sytuacji, gdy transakcja dokumentowana fakturą  jest zwolniona z opodatkowania (lub nie podlega opodatkowaniu) a sprzedawca wystawił fakturę z ze stawką VAT inną niż ZW.

Podstawa prawna/ faktyczna
Art. 88 ust. 3a pkt. 2 ustawy o VAT.

Rekomendacja PKPP Lewiatan
Powrót do poprzedniego brzmienia przepisu, gdzie brak możliwości odliczenia VAT w takiej sytuacji wymagał jeszcze, by kwota wskazana w fakturze nie została uregulowana. (Dz. U.05.90.756)
UWAGA: taka propozycja może być uznana za sprzeczną z dyrektywą 2006/112/ WE – dlatego polski rząd powinien zainicjować dokonanie odpowiednich zmian w dyrektywie w tym zakresie lub wprowadzenie zmian do Ordynacji podatkowej, które wyłączałyby sankcje podatkowe i karnoskarbowe za nieprawidłowe odliczenia (w przypadku gdy VAT należny został uregulowany).

Stanowisko Ministerstwa Finansów
Proponowana zmiana brzmienia art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług w taki sposób, aby istniała możliwość odliczenia podatku naliczonego w przypadku transakcji niepodlegających opodatkowaniu lub zwolnionych od podatku, o ile kwota wykazana na fakturze została uregulowana byłaby niezgodna z prawem unijnym. Należy podkreślić, że właśnie odstąpienie od tego rozwiązania (w wyniku nowelizacji obowiązującej od dnia 1 stycznia 2008 r.) zbliżyło polskie rozwiązania do systemowych założeń podatku od wartości dodanej, zgodnie z którymi podatek ten pobierany jest od transakcji nim objętych. Podatek wykazany w fakturze wystawionej w związku z transakcją niepodlegającą opodatkowaniu lub zwolnioną z VAT nie może zatem stanowić podatku VAT do odliczenia, nawet jeśli zostanie zapłacony. Stanowisko to znajduje potwierdzenie w orzecznictwie Europejskiego Trybunału Unii Europejskiej (m. in. wyrok C-342/87).