W umowach najmu, dzierżawy czy na usługi budowlane, a także innych zawieranych między przedsiębiorcami lub między przedsiębiorcą, a osobami fizycznymi często można się spotkać z pojęciem kaucji nazywanej także kaucją gwarancyjną.
Przepisy podatkowe nie wyjaśniają pojęcia kaucji, stąd należy odnieść się do definicji słownikowej.  „Według słownika języka polskiego – kaucją jest suma pieniężna złożona jako gwarancja dotrzymania zobowiązania i stanowiąca odszkodowanie w razie niewywiązania się z zobowiązania. Z istoty zabezpieczającego charakteru kaucji wynika, iż nie ma ona natury świadczenia ostatecznego. Jest ona co do zasady świadczeniem zwrotnym. W zależności od okoliczności, postanowień zawartych w umowie między stronami, w ujęciu podatkowym kaucja może podlegać opodatkowaniu PIT i VAT.

Podatek dochodowy
Przyjęcie kaucji zwrotnej nie powoduje powstania przychodu w rozumieniu przepisu art. 14 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. W związku z czym kaucja jest obojętna podatkowo, tzn. nie jest kosztem ani przychodem.
O zaliczeniu kaucji do przychodów z działalności gospodarczej decyduje m.in to, czy kwota kaucji była częścią kwoty należnej za świadczone usługi, której podatnik faktycznie nie otrzymał w danym roku podatkowym, ponieważ tak wynikało z umowy między stronami. Przemawiają za tym także inne postanowienia zawarte w umowie, wynikające z funkcji jaką pełni kaucja. Umowa powinna jasno określać, kiedy kaucja będzie zwrócona, oraz w jakim przypadku zostanie zatrzymana. Przykładem, kiedy kaucja nie będzie zwrócona będzie sytuacja, w której strona nie wywiąże się z umowy, zniszczy użyczoną rzecz, nieruchomość, zwróci sprzęt w stanie pogorszonym. Otrzymana wcześniej kaucja lub jej część będzie stanowiła rodzaj odszkodowania, z którego wynajmujący pokryje koszty za poniesioną stratę. Ze względu na to, że kwota kaucji nie jest w tym przypadku zwracana, staje się przychodem wynajmującego. Niezwrotne kaucje są pozostałym przychodem wykazywanym w kolumnie 8 KPiR.

Podatek VAT
Zgodnie z art. 19 ust. 11 ustawy o VAT – jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano część należności, w szczególności: przedpłatę, zaliczkę, zadatek, ratę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części. Ze względu na „zwrotny” charakter kaucji, nie podlega ona także opodatkowaniu podatkiem VAT.
Jeżeli natomiast wpłacona kaucja została potraktowana jako zapłata za wykonaną w przyszłości usługę (dostawę towarów) – podatnik zobowiązany jest rozliczyć należność tak jak zaliczkę. W tym celu w dacie, w której kaucja stała się zaliczką wystawia fakturę zaliczkową i wykazuje w ewidencji sprzedaży VAT. Istotne jest aby w umowie była zawarta informacja o momencie zaliczenia kaucji w poczet należności za świadczoną usługę (dostawę towarów).
Dodatkowo, jeżeli została wystawiona faktura zaliczkowa i klient zrezygnował z transakcji, obowiązkiem sprzedawcy jest skorygowanie podatku należnego poprzez wystawienie faktury korygującej otrzymaną kaucję (rozliczoną jako zaliczkę), następnie wykazując w ewidencji sprzedaży VAT wartość z minusem.