Odliczenie VAT z faktury wystawionej poza KSeF – kiedy jest możliwe po 2026 roku? Zasady, wyjątki i ryzyka dla przedsiębiorców

W praktyce przedsiębiorcy muszą uwzględnić okresy przejściowe, przewidziane wyjątki w ustawie oraz procedury awaryjne. Co jednak najważniejsze, należy wziąć pod uwagę również fakt, że ewentualny błąd przedsiębiorcy w postaci wystawienia faktury poza KSeF nie może pozbawić nabywcy prawa do odliczenia, jeśli transakcja jest rzeczywista. Więcej na temat odliczenia VAT z faktury wystawionej poza KSeF przeczytasz w poniższym artykule.

Odliczenie VAT z faktury wystawionej poza KSeF – zasady po wprowadzeniu obowiązkowego KSeF

Ogólna zasada po wprowadzeniu obowiązkowego KSeF

Od 1 lutego 2026 r. w Polsce obowiązuje Krajowy System e-Faktur (KSeF), co oznacza, że faktury ustrukturyzowane w KSeF stają się podstawową i pełnoprawną formą dokumentowania transakcji.

W praktyce oznacza to, że faktura wystawiona poza KSeF przez przedsiębiorcę, który miał obowiązek korzystać z systemu, jest dokumentem wadliwym formalnie. Jednak, w świetle interpretacji organów skarbowych (co szerzej omówiono poniżej), nabywca zachowuje prawo do odliczenia VAT, jeśli spełni ogólne przesłanki prawa do odliczenia (art. 86 ustawy o VAT). Ryzyko i kary za nieprzestrzeganie obowiązku KSeF dotyczą wyłącznie przedsiębiorcy – sprzedawcy.

Jednocześnie ustawodawca przewidział wyjątki, procedury awaryjne i szczególne sytuacje, w których faktura poza KSeF jest pełnoprawna i nadal uprawnia do odliczenia VAT, pod warunkiem spełnienia wymogów formalnych.

Ogólne przesłanki prawa do odliczenia VAT (przepisy ustawy o VAT)

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 tej ustawy, przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w zakresie, w jakim nabywane przez niego towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Ponadto, na podstawie art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT, podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego również wtedy, gdy nabyte towary lub usługi dotyczą czynności wykonywanych poza terytorium kraju, o ile kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności były wykonywane w Polsce, a podatnik dysponuje dokumentami potwierdzającymi związek odliczonego podatku z tymi czynnościami.

Z kolei art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT stanowi, że kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikająca z faktur otrzymanych przez podatnika m.in. z tytułu:

• Nabycia towarów i usług;
• Dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Z powyższych regulacji wynikają trzy warunki, które dają praw do odliczenia VAT:

• Odliczenia dokonuje podatnik w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT;
• Towary lub usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych;
• Podatek wynika z faktury otrzymanej przez podatnika.

Jednakże, co istotne warunki te muszą być spełnione łącznie.

Co więcej:

• Zgodnie z art. 86 ust. 10 ustawy o VAT – prawo do odliczenia powstaje w okresie powstania obowiązku podatkowego po stronie sprzedawcy.
• Zgodnie z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT – nie wcześniej niż w okresie otrzymania faktury.

Jednocześnie art. 88 ustawy o VAT określa zamknięty katalog warunków, które uniemożliwiają odliczenie podatku (w analizowanych przypadkach przesłanki te nie mają zastosowania).

Jeśli chcesz wiedzieć, jak wygląda odpowiedzialność przedsiębiorcy za błędy i nieprzestrzeganie KSeF, to przejdź tutaj.

Obowiązek wystawiania faktur w KSeF i sytuacje, w których faktura poza KSeF nadal daje prawo do odliczenia

Od 1 lutego 2026 r., na mocy art. 106ga ust. 1 ustawy o VAT, podatnicy będą zobowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Przepis art. 106ga ust. 2 wprowadza jednak istotne wyjątki – a dodatkowo ustawa przewiduje specjalne zasady na wypadek awarii.

Poniżej przedstawiamy sytuacje, w których faktura wystawiona poza KSeF nadal pozwala nabywcy odliczyć VAT:

AWARIA PO STRONIE MINISTERSTWA FINANSÓW (AWARIA KSEF)

• Ministerstwo Finansów ogłasza oficjalnie niedostępność systemu.
• W tym czasie sprzedawcy mogą wystawiać faktury poza KSeF.
• Takie faktury:
  • są pełnoprawne,
  • uprawniają nabywcę do odliczenia VAT,
  • muszą zostać przesłane do KSeF po ustaniu awarii (obowiązek spoczywa na sprzedawcy).

AWARIA LUB PROBLEM TECHNICZNY PO STRONIE PODATNIKA

• Jeśli sprzedawca nie może wystawić faktury w KSeF z powodu:
  • awarii systemu finansowo-księgowego,
  • braku łączności,
  • utraty dostępu do infrastruktury IT,
• Wystawia wtedy fakturę w tzw. trybie awaryjnym – poza KSeF, zgodnie ze wzorem logicznym FA(2).
• Taka faktura daje nabywcy prawo do odliczenia VAT.
• Ważne: po przywróceniu działania systemu, sprzedawca ma obowiązek przesłać fakturę do KSeF.

FAKTURY OD PODMIOTÓW ZAGRANICZNYCH (SPOZA SYSTEMU KSEF)

• KSeF dotyczy wyłącznie polskich podatników, dlatego faktury od:
  • podmiotów z UE,
  • podmiotów spoza UE,
  • firm niezarejestrowanych w Polsce,
  zawsze będą wystawiane poza KSeF.
• Podatek VAT z takich faktur:
  • podlega normalnemu odliczeniu,
  • rozliczany jest jak dotychczas (np. import usług, WNT).

FAKTURY KONSUMENCKIE (B2C), GDY NABYWCA NIE PODAŁ NIP

• gdy nabywca nie poda NIP – transakcja jest traktowana jako B2C, więc:
  • sprzedawca nie wystawia takiej faktury w KSeF,
  • może wystawić ją poza systemem,
  • a VAT, jeśli następnie nabywca ujawni NIP i chce odliczyć, może zostać odliczony, pod warunkiem późniejszego przesłania faktury do KSeF przez sprzedawcę.

WAŻNE

• FAKTURY POZA KSEF DO 31 STYCZNIA 2026 R.
  • faktury wystawiane w formie tradycyjnej (PDF, papier) nadal uprawniają do odliczenia VAT, o ile spełniają wymogi art. 106e ustawy o VAT, w szczególności:
  – prawidłowy NIP nabywcy
  – datę wystawienia
  – kwotę VAT
  – właściwe stawki podatku
  
• FAKTURY POZA KSEF OD 1 LUTEGO 2026 R. (do odliczenia VAT uprawniają następujące faktury wystawiane poza KSeF)
   
  • faktury pełnoprawne, czyli:
  – faktury zagraniczne,
  – dokumentujące czynności wyłączone z KSeF,
  – faktury awaryjne (w przypadku awarii po stronie MF lub sprzedawcy)
  
  • faktury wadliwe formalnie, tj. gdy sprzedawca powinien był wystawić fakturę w KSeF, ale tego nie zrobił, ale nabywca spełnia materialne warunki odliczenia (art. 86 ustawy o VAT). Stanowisko to zostało potwierdzone przez Dyrektora KIS./li>

Kiedy faktura wystawiona poza KSeF nie daje prawa do odliczenia VAT?

W pewnych sytuacjach VAT z faktury poza KSeF nie może zostać odliczony dopóki dokument nie zostanie prawidłowo wprowadzony do systemu, tj.:

• GDY FAKTURA NIE ODZWIERCIEDLA RZECZYWISTEGO ZDARZENIA

  nabywca nie ma prawa do odliczenia, jeśli faktura jest tzw. pustą fakturą i nie dokumentuje faktycznej transakcji (art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT) – co oznacza, że faktura musi być odzwierciedleniem prawdziwej sprzedaży.

• GDY FAKTURA AWARYJNA (POZA KSEF) NIE SPEŁNIA MINIMALNYCH WYMOGÓW

  oczywiście w trybie awaryjnym (awaria MF lub awaria po stronie sprzedawcy) dopuszczalne jest wystawienie faktury poza KSeF i na podstawie tego odliczenie VAT – taka faktura musi zawierać obligatoryjne elementy zgodne ze wzorem FA(2). Jeżeli jednak faktura awaryjna nie zawiera obowiązkowych danych LUB pomija elementy kluczowe dla identyfikacji transakcji (np. data wystawienia, NIP nabywcy, kwota VAT), to może zostać uznana za niepełnoprawny dokument, co w praktyce uniemożliwi odliczenie VAT dopóki faktura nie zostanie uzupełniona lub poprawiona przez przedsiębiorcę.

Stanowisko organu podatkowego w zakresie odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF

W interpretacji indywidualnej z dnia 12 sierpnia 2025 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wskazał, że zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy, przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w zakresie, w jakim nabywane przez niego towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Prawo do odliczenia przysługuje również w przypadku importu lub nabycia towarów i usług związanych z czynnościami wykonywanymi poza terytorium kraju, o ile podatnik posiada dokumenty potwierdzające związek odliczonego podatku z tymi czynnościami (art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT).

Z przepisu art. 86 ust. 2 pkt 1 wynika, że kwotę podatku naliczonego stanowią faktury otrzymane przez podatnika z tytułu nabycia towarów lub usług oraz dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi. Zatem odliczenie VAT wymaga łącznie:

• statusu podatnika w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT,
• wykorzystania nabywanych towarów/usług do czynności opodatkowanych,
• udokumentowania podatku na fakturze wystawionej na podatnika.

Do wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez KSeF. Art. 106ga ust. 2 przewiduje jednak wyjątki, m.in. dla podatników zagranicznych nieposiadających stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce, oraz procedury awaryjne w przypadku awarii KSeF lub problemów technicznych u sprzedawcy.

Dyrektor KIS podkreślił, że nabywca nie jest zobowiązany do weryfikowania, czy sprzedawca miał prawo wystawić fakturę poza KSeF (np. z powodu awarii, braku stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce lub innych wyjątków).

W konsekwencji, nabywca zachowuje prawo do odliczenia VAT naliczonegoz faktur zakupowych wystawionych poza KSeF, pod warunkiem spełnienia ogólnych warunków odliczenia (faktyczne dokonanie transakcji, powiązanie z czynnościami opodatkowanymi, posiadanie statusu czynnego podatnika VAT).

Podobne stanowisko zostało przedstawione w interpretacji indywidualnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 4 marca 2025 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA, zgodnie z którą nabywca zachowuje prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF, pod warunkiem spełnienia ogólnych przesłanek wynikających z art. 86 ustawy o VAT, tj. faktycznego dokonania transakcji, powiązania nabywanych towarów lub usług z czynnościami opodatkowanymi oraz posiadania statusu czynnego podatnika VAT.

Podsumowanie – odliczenie VAT z faktur poza KSeF

Wprowadzenie obowiązkowego KSeF od 1 lutego 2026 r. nie zmienia podstawowej zasady jaką jest prawo do odliczenia VAT, które zależy od rzeczywistości transakcji, a nie od tego, czy faktura została wystawiona w KSeF. Do końca stycznia 2026 r. tradycyjne faktury papierowe i PDF nadal uprawniają do odliczenia VAT, a od lutego 2026 r. VAT można odliczyć zarówno z faktur wystawionych w KSeF, jak i spoza systemu. Ryzyko utraty prawa do odliczenia z powodu błędu formalnego po stronie sprzedawcy jest minimalne, o ile nabywca jest czynnym podatnikiem VAT, a transakcja jest faktyczna i wykorzystywana do działalności opodatkowanej. Stanowisko to potwierdzają liczne interpretacje podatkowe, w których organy podkreślają, że wystawienie faktury poza KSeF – nawet wbrew obowiązkowi – nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia, jeżeli spełnione są warunki z art. 86 ustawy o VAT. Z perspektywy nabywcy najważniejsze pozostaje więc ustalenie, że transakcja rzeczywiście miała miejsce i służy czynnościom opodatkowanym.

Chcesz wiedzieć więcej na temat KSeF dla podatników zwolnionych z VAT? Jeśli tak, to przeczytaj ten artykuł.